新生儿肠道免疫功能低下，当肠道感染时，没有能力减弱和中和细菌的能力。因此常发生新生儿腹泻。此外宝宝消化功能不成熟，系统调节能力也差，导致新生儿腹泻常发。
新生儿腹泻有感染性腹泻和非感染性腹泻、生理性腹泻。无论发生哪一种腹泻都无需禁食，可相对减少每次的喂养量，奶中多兑水，防止脱水，谨遵医嘱服用相关药物治疗。
生理性腹泻，大便通常稀薄、色黄，无黏液，宝宝的精神状态好，体重增长正常。生理性腹泻可达7-12次每日。发生生理性腹泻要注重补充水分。
感染性腹泻有分肠道内感染和肠道外感染。肠道内感染源于不同的病原体，常听的有大肠杆菌、沙门菌、金黄色葡萄球菌、轮状病毒、真菌。肠道内感染引发的腹泻每天可达10次，常伴有低热，精神萎靡，轻度腹胀、呕吐等。
大肠杆菌感染性肠炎的便便为蛋花样、稀水样、黏液脓血，有腥臭味。沙门菌感染性肠炎常见于早产儿，爆发感染居多，潜伏期2-4天，便便有绿色稠便、浅灰色或白色便便、胶冻样便、稀水便等多种变化，有明显腥臭味。金黄色葡萄球菌感染性肠炎多为黄绿色便便后期变为暗绿色水样，严重会排出灰白色片状，有腥臭味。轮状病毒性肠炎，早期多为呕吐症状，并伴有呼吸道感染，发热明显，便便稀薄米汤样，量多，无明显腥臭味，腹泻症状5-7天可治愈。最后真菌性的肠炎，便便会出现豆腐渣样，有泡沫或黏液。
肠道外的感染性腹泻和感冒肺炎相伴而生，其他炎症由消化道功能异常导致。
肺感染性腹泻往往是因为喂养不当、消化酶缺乏、过敏或者天气变化引起。乳糖不耐受就是消化酶缺陷的一种，换无乳糖的配方奶，宝宝情况会好转。过敏则常因为牛奶，有位牛奶蛋白不耐受症，停用牛奶后会有好转。而天气变化引起宝宝消化道环境变化，保持室温即可缓解腹泻。
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